日本政府10月10日就南京大屠殺相關檔案被列入「世界記憶遺産名錄」，通過在北京的日本駐華大使館向中國外交部提出抗議，稱「不應加以政治利用」。日本政府認為，中國以有利於自己的方式將南京大屠殺的死難者人數確定為既成事實，對「記憶遺産」加以了政治利用。日本政府計劃指出檔案中的問題點來加以反駁，但警惕雙方陷入宣傳戰。

      中方在申遺材料中指出，南京軍事法庭認定至少30萬名中國人被殺害。還提交了照片、記錄影像和日記等。關於死難者人數，日方的立場是「諸説紛紜，認定哪個數字準確非常困難」。關於提交的照片，日本還主張「和南京事件不同」。

      日本政府認為，通過此次的事件，暴露出了當前的世界記憶遺産事業在手續和透明性上存在的相關問題。具體來講，（1）沒有構建細查體制，包括審查標準是否重視檔案保管和管理的必要性、資料是否符合歷史事實等；（2）審查過程沒有公開，欠缺透明性等。對此，日本方面表示，今後將呼籲聯合國教科文組織修改制度。
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